Der Platz, an dem Einharting heute liegt, war über Jahrtausende immer wieder Lebensraum für Menschen. In der näheren Umgebung finden sich Spuren aus der Bronzezeit, aus der keltischen Latènezeit und aus der römischen Epoche. Diese Funde belegen, dass der Raum schon lange vor der bajuwarischen Landnahme besiedelt war, vermutlich auch aufgrund seiner günstigen Lage auf einer leichten Anhöhe mit gutem Blick in die Umgebung.
Es ist denkbar, dass hier in vorchristlicher Zeit ein Kultplatz bestand, an dem sich Menschen zu religiösen Handlungen oder Versammlungen trafen. Als die Bajuwaren im 6. und 7. Jahrhundert das Land zwischen Inn, Salzach und Chiemsee besiedelten, übernahmen sie oft solche bestehenden Zentren. Damals dürfte sich hier eine Sippe unter Führung eines Mannes namens Einhart niedergelassen haben – daher der Ortsname: Einharting, „bei den Leuten des Einhart“.
Die Christianisierung erreichte Einharting spätestens um das Jahr 800. Nach der Absetzung Herzog Tassilos III. im Jahr 788 förderte Karl der Große gezielt den Aufstieg des Salzburger Erzbistums. Unter Erzbischof Arn (785–821) erhielt Salzburg große Besitzungen im Chiemgau und richtete an wichtigen Orten Kirchen oder Kapellen ein. In Einharting dürfte zu dieser Zeit ein erstes kleines Gotteshaus entstanden sein – vermutlich als Substitutionskirche direkt auf dem Platz eines älteren Heiligtums.
Von Anfang an war dieses Gotteshaus keine eigenständige Pfarrkirche, sondern eine Filialkirche, höchstwahrscheinlich der Pfarrei Vachendorf zugeordnet. Das kirchliche Leben des Dorfes war somit eng mit dem Pfarrzentrum verbunden, und die Kapelle diente vor allem als ortsnaher Andachts- und Messplatz.
Im 11. oder 12. Jahrhundert wurde an gleicher Stelle die romanische Filialkirche errichtet, deren Kern trotz zahlreicher Umbauten bis heute erkennbar ist. Mit ihr schließt sich die Frühgeschichte und Einharting tritt als gefesteter kleiner Weiler mit langer, tief in die Vorzeit reichender Tradition in die Urbare und Besitzlisten der Salzburger Erzbischöfe ein.