St. Jakobus in Bernhaupten ist eine der geschichtlich vielschichtigsten Kirchen im Chiemgau. Ihre erste urkundliche Erwähnung als „Pernhup-te(n)“ fällt ins 12. Jahrhundert. In dieser Zeit entstand das romanische Langhaus aus Kalkquadern mit halbrunder Apsis.
Um 1400 wurde die Apsis durch einen gotischen Chor ersetzt. Die Sakristei mit ihrem Sternrippengewölbe stammt aus dem 15. Jahrhundert. Am 14. April 1513 weihte Bischof Berthold Pürstinger den Hoch- und Nebenaltar.
In der Barockzeit (2. Hälfte 17. Jh.) wurde die Kirche umfassend überformt: Turm und Portale wurden umgebaut, eine Täfeldecke von Adam Aicher eingezogen (1673), vier Fenster 1736 barock erweitert. 1836 ersetzte Josef Seehuber die Decke durch ein Lattengewölbe.\n\nAb 1849 wurde der Innenraum neu gefasst, 1875 kamen neugotische Ausmalungen und eine Emporenbrüstung hinzu. 1887 gelangte ein Kruzifix aus Vachendorf hierher, 1934 wurde ein schmiedeeisernes Gitter aus der Spitalkirche Traunstein eingebaut.
Zwischen 1965 und 1969 erfolgte eine umfassende Restaurierung durch Angelika Bloch, Georg Gschwendtner und Willibald Stein. Seitdem zeigt sich die Kirche als ein organischer Zeitkörper, in dem sich Romanik, Gotik, Barock und Moderne nicht widersprechen – sondern still einander halten.